馬修一行人進入了一個來自始源的記憶。他們身處地球，回到了克勞斯進行實驗的20XX年。
環顧四周，一座帶有花園的房子映入眼簾，後院可見二代世界樹與高樓大廈的景象。
馬修聽到熟悉的鋼琴聲，這首曲子讓他想起奈爾曾經演奏過。他追隨聲音來到奈爾身邊，她解釋道，根據阿爾法的計劃，這個世界可以是這樣的模樣，但她並未注意到附近收音機報導中的世界紛爭。
隨後，A向奈爾展示了克勞斯實驗的後果，以及阿爾法計劃成功後新世界的景象。
馬修說服奈爾，如果她繼續將科維斯和阿格努斯視為不配活下去的人，那她就和梅比烏斯無異。
他們若能選擇，就可以像城市中的人一樣生活。
奈爾同意加入他們的隊伍來阻止阿爾法，但在阿爾法奪回對她的控制並消失之前，他們尚需謹慎。
隨後，一行人被傳送回方舟，阿爾法堅持未來不需要過去的事物，並認為A(良心)對三位一體處理器沒有用處。
馬修拒絕接受這一說法，修爾克和雷克斯回憶起克勞斯託付給他們的未來，並與阿爾法展開戰鬥。
不久後，阿爾法試圖拉馬修的靈魂，但馬修壓制住內心的疑慮。
此時，N介入戰鬥。馬修表示他很高興此刻有N在他身邊。
阿爾法展現出他的真實形態，一個擁有空洞面具般面孔的大型人形身影，並使用更強大的蒙納多。
在N的始源之劍的幫助下，馬修釋放了銜尾蛇的真正力量，當核心透明顯現在他的護腕上時，六名隊員融合成類似諾亞的銜尾蛇形態。
他們利用這種形態徹底摧毀了阿爾法。
阿爾法問馬修是否對他的決定感到滿意，馬修回答是。阿爾法之後便消失了。
修爾克、雷克斯和A開始消失，並透露在沒有阿爾法的情況下，始源需要新的化身來保持艾歐尼翁的穩定，也就是他們自己和A。
馬修表示不同意，但雷克斯保證他們在世界恢復後會再見面。
雷克斯和修爾克將他們的生命力賜予各自的孩子火光和尼克爾，並走向一個大裂縫。
進入裂縫時，修爾克問A是否預見了目前的事態發展，但A只回答雷克斯的希望一直是時間流動中的常量。
始源沉入海中，摧毀了整個艾歐尼翁地區。
N警告馬修梅比烏斯不會放棄他們無盡的現在，馬修回應說他和他的盟友將繼續為未來而戰，暗示N可能有一天也會這樣做。
之後就是破關的畫面了...
－－－－－最終章 完－－－－－
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